绿证制度与碳市场是既对立又统一的。
对立性： 一是二者的出发点不同，绿证制度是以促进清洁能源利用为主要目的，解决的是能源结构调整问题；而碳市场是以二氧化碳减排为主要目的，解决的是温室气体排放的问题。
统一性：由于绿证制度和碳市场在我国皆处于初期建设阶段，目前并没有明确的政策对二者做出界定，目前我国的绿证和碳市场中的核证自愿减排量（ccer）项目是可以共同存在于市场当中的。绿证制度和碳市场从本质上来说都是通过市场化的手段来减排温室气体。总体来说，绿证制度在结合了可再生能源发电量占比的硬性要求之后，与碳市场的总体设计思路是类似的，二者皆以总量控制为目标，都是在一个设定好的总量目标之下，再继续向下细化绿电指标或碳配额的分配。虽然二者目的不同，但实际上如果发电企业的清洁电力比重上升，是有助于碳减排的。
很多可再生能源项目，譬如风电，在生产端已经开发成CDM（清洁发展机制）或者CCER项目了，这部分减排量已经被拿走并出售了。这些项目同样可以申请绿证，那么买走绿证的公司如果还要计算这部分减排量的话，就会造成重复计算。
目前碳市场的设计并没有考虑绿证，如果以后碳市场运行规则中考虑绿证，那将是一个非常复杂的规则体系。一方面，如果未来两种制度继续同时存在、互不影响，那么非电力控排企业并没有动力购买绿证，因为其电力消耗对应的碳排放并不能通过绿证抵消；而火电厂可以同时购入绿证和减排量分别完成可再生能源电力占比指标和碳排放履约的目标。另一方面，如果两种制度不能共存以免发生重复计算的问题，那么届时需要明确两种制度的边界，对其互斥性制定明确的限定规则，同时需要考虑避免新能源发电企业领取双重补贴的问题；绿证制度和碳交易制度是符合我国目前改革方向的一种市场化的手段，也是推动全社会以总成本最小的方式实现能源转型的最有效措施。实际上，可以通过界定交易边界的方式化解重复计算的问题。新能源企业在面对绿证和CCER两种产品二选一时，会结合产品价格、开发成本、市场接受度及成熟度、需求量、交易活跃性、机会成本等影响因素进行选择。
任何一项重大政策起效，都会是一个不断摸索和完善的过程，在复杂的市场环境下，也无法指望单一的政策能够解决所有的问题。各类政策之间也不一定是互斥的，一项政策的推出不代表其他政策的必然退出。所以，未来新能源扶持政策的发展方向，可能必然还是各项政策的“组合拳”，特别是对存量项目，保持政策的稳定性也是必要的。
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